Софийската духовна семинария "Св. Йоан Рилски" е основана първоначално като Самоковско богословско училище през 1874 г., а по-късно е изместена в София.
През 1902 г. е положен първият камък за построяването на самостоятелна сграда на семинарията в София от княз Фердинанд I. Тя е изградена в Лозенец по проект на Фридрих Грюнангер и е завършена през 1905 година. На 20 януари 1903 г. започват редовните занимания на семинарията. Курсът на обучение първоначално е шестгодишен, като завършилите получавали им правото да продължат обучението си във висшите училища или да бъдат ръкоположени за свещеници.
По време на Балканската и Първата световна война пансионът на семинарията е използван за военна болница. По време на земеделския режим (1920-23), сградите са използвани и от новооткрития Агрономически факултет на СУ. През Втората световна война сградите се използват за щаб на Червената армия, а след края на войната - до 1950 г., от Съюза за българо-съветска дружба.
През пролетта на 1990 г. с Министерско постановление сградите на семинарията са върнати и днес семинарията е пазител на национално-православната традиция в обучението и възпитанието.
Софийската духовна семинария “Св. Иван Рилски” е пряко подчинена на Св. Синод на Българската Православна Църква.
Ръководител на семинарията е Ректорът в качеството си на пратеник на Св. Синод. Процедурата за вземане на решения се извършва чрез периодични заседания на Учителския съвет, чиито решения се одобряват от заседания на Св. Синод.
Учебната дейност и пребиваването в пансиона на учениците в Софийската духовна семинария са регламентирани от Правилник на семинарията, одобрен от Св. Синод и МОН.
Софийската духовна семинария “Св. Иван Рилски” дава възможност за образование, възпитание, социализация, житейска и професионална реализация след завършване курса на обучение на младежи не само от България. От две години в нея се обучават и етнически българи от Молдова, Македония, Югославия, Албания, Украйна и Румъния.
В семинарията функционира богата библиотека, чиито фонд се състои от 80 000 библиотечни единици – книги, архив, части от архива на Цариградската семинария, Самоковското богословско училище и архивът на дългогодишния преподавател по църковна и гражданска история Ганчо Велев, периодични издания от преди освобождението, ръкописни псалтикии с невмена нотация, редки старопечатни книги и оригинални икони, рисувани от Иван Мърквичка и Антон Митов.
След петгодишния курс на обучение учениците получават диплома за завършено средно богословско образование, която им дава право да продължат образованието си във висше учебно заведение в страната или чужбина или да започнат работа в структурите на Българската Православна Църква. Младежите, които завършат двегодишния паралелен курс получават удостоверение за специализация, даващо им право да станат свещеници.
Софийската духовна семинария “Св. Иван Рилски” разполага с прекрасен парк-градина, в който са засадени още в началото на ХХ век лично от градинаря на Н. Ц. В. Фердинанд редки и уникални растителни видове. Сред клоните на вековните дървета гнездят прекрасни птици, защитени от закона. Цялото това еко богатство се намира близо до центъра на София.
С решение на Националния институт за паметниците и културата от 1998 г. сградата на Софийската духовна семинария “Св. Иван Рилски” притежава статут на архитектурен и исторически паметник на културата от национално значение.
Софийската духовна семинария е традиционен домакин на срещи, беседи и празненства на ученици от І до ХІІ кл. от различни училища на страната с преподаватели, духовници и с ученици от семинарията, на които младите хора не само се запознават с православното богослужение и богословие, но и споделят своя опит от разни инициативи в областта на социалната работа.
От 1998 г. в сътрудничество с няколко домове за деца и юноши от страната и София, семинарията работи по програма за възпитателни и образователни извънучилищни занимания. Заниманията се провеждат в семинарската база по време на ваканции на деца от домовете и с активното участие на семинаристи. По този начин сираците имат възможност не само да се откъснат от обичайната си среда на израстване, но и да се запознаят със свои връстници, да придобият нов социален опит, да научат повече за Православната Църква. В рамките на тази програма се организират курсове по вероучение, съвместни посещения на църкви и манастири, екскурзии, посещения на културни забележителности, чрез които се установяват трайни контакти между младежите, осъществява се духовно напътствие и възпитание на деца, които са в неравностойно социално положение.
