Св. Йоан Кронщадски е роден на 19 октомври 1829 г. в село Сура, Архангелска област. Бил първо дете в бедното семейство на Илия и Теодора. Тъй като се родил с крехко здраве и лекарите не му давали шанс да оцелее, кръстили детето в същия ден. Тогава се чествала паметта на преподобни Йоан Рилски Чудотворец, затова го нарекли на името на всебългарския светец.
Завършил с отличие енорийското училище в Архангелск, след това и тамошната семинария. През 1855 г. се дипломирал в Петербургската духовна академия със степен кандидат на богословските науки, защитавайки дипломната си работа „За Кръста Христов - в изобличение на мнимите старообредци".
Отец Йоан първоначално искал да приеме монашество и да бъде мисионер, за да проповядва християнството на народите в Сибир и Америка. Но виждайки, че жителите на столицата „познават Христос не по-добре от диваците в Патагония“, той решил да остане тук.
Докато следвал, видял на сън, че служи в Кронщадската катедрала. След няколко дни получил предложение да поиска ръката на дъщерята на предстоятеля на същата катедрала, и се съгласил. С жена му Елисавета нямали деца, тъй като живеели като брат и сестра, в подвига на девството в брака. Съпрузите възпитали като свои две от децата на Анна, сестрата на Елисавета: Елисавета и Руфина.
След ръкоположението си бил назначен в пристанищния гр. Кронщад - място, където заселвали асоциални личности и множество просяци и черноработници. Тук отец Йоан започнал да посещава бараки, землянки и бедни къщи. Утешавал изоставените майки, играел си с децата, докато майката миела, помагал с пари; вразумявал и увещавал пияниците; раздавал цялата си заплата на бедните, а когато парите свършвали, подарявал расото и обувките си, а самият той се прибирал бос вкъщи. Стигнало се дори дотам, че в един момент заплатата му давали не на него, а на жена му.
На 10 декември 1855 г. той станал дякон, а след два дни, на 12 декември приел свещенически сан, в който прослужил 53 г. в храма „Св. Андрей“ в Кронщад, до самата си смърт.
От 1857 г. започнал да преподава Закон Божий в Кронщадското градско училище, а от 1862 г. – и в местната класическа гимназия, за цели 25 години.
Първият случай на изцеление на болен по молитвите му, с възлагане на ръце станал на 19 февруари 1867 г.
Отец Йоан бил среден на ръст, движенията му били енергични, бил много бодър за възрастта си, макар че спял само по 3-4 часа в денонощието, младолик, на лицето му обикновено светела приветлива усмивка.
Неговото новаторско отношение към пастирските му задължения се изразявало, в частност, в извънредната емоционалност на проповедите му, при които, според очевидци, той често проливал сълзи. Това предизвикало неразбирането и неодобрението сред някои клирици в катедралата, както и сред училищните власти.
Въпреки приетата тогава в Руската църква практика, въвел обща изповед в тайнството покаяние, призовавал към често причастяване със Светите Тайни (в Русия по онова време било обичайно християните да се причастяват два пъти или дори веднъж годишно, на Великия пост).
От самото начало на служението си се занимавал с частна благотворителност. От 1880 г. я разширил и основал „Дом на трудолюбието“ – приют за бедни, с работилници, училище за бедни, приюти за немощни жени и за деца.
Бил почетен член на братството „Св. княз Владимир“.
Известна е критиката му от началото на 1890 г. на богоборческата теория на граф Лев Толстой, отричащ божествеността на Христос, догматите за троичността на Бога, непорочното зачатие и възкресението от мъртвите. В повече от 20 статии отец Йоан изобличил отстъпника от Православната вяра за неговото „душепагубно еретичество и лъжеучение“.
Отец Йоан Кронщадски още приживе добил известност в цяла Русия, а и зад граница, вкл. и в България. Бил при одъра на умиращия император Александър III, причастил го и го помазал с елей от кандилото, а след това, по молба на императора, възложил ръце върху главата му.
Присъствал на коронацията на император Николай II.
Св. Йоан Кронщадски починал в Кронщад на 20 декември 1908 г., след 3-годишно боледуване, като не оставил духовно завещание, нито каквито и да било спестявания.
Канонизиран е от Руската православна църква през 1990 г.
