Министерство на правосъдието беше уведомено с писмо на ЕСПЧ, че на 5 юни 2009г. молбата на правителството за отнасяне пред Голямата камара на делото „Св. Синод на Българска православна църква (митрополит Инокентий) и други срещу България е била обсъдена от състав от пет съдии и не е приета за разглеждане. По тази причина, съгласно чл. 44, § 2, т. (с.) от Конвенцията, решението на Пети състав на ЕСПЧ по делото става окончателно и влиза в сила на тази дата.
Съдът е поставил срок на страните до 5 септември 2009г. да представят становищата си или постигнато споразумение по оставения за последващо разглеждане въпрос за справедливо обезщетение по чл.41 от Конвенцията. Изрично е посочено, че констатираното нарушение се основава на чл. 9 от Конвенцията и не включва отделно нарушение на правото на собственост, поради което претендираните от жалбоподателите компенсации по отношение на храмове на БПЦ не могат да се основават на тяхната стойност. Така фактически Съдът е отхвърлил тази претенция.